Chinesische und koreanische Einflüsse mögen dann den Zerfall auch des japanischen Buddhismus in eine größere Anzahl (sechs) von Sekten veranlaßt haben: zugleich machten sich die Widersprüche und Feindseligkeiten zwischen Buddhismus und Schintoismus immer mehr geltend; merkwürdigerweise sagte den Kaisern die fremde, ihren göttlichen Ursprung bedrohende Lehre sehr zu. So mag auf beiden Seiten eine Verschmelzung des alten und neuen Glaubens herbeigesehnt worden sein. Kaiser Kwammu verlegte 794 seine Residenz nach Nara, nach dem heutigen Kioto; gleichzeitig begannen die Reisen japanischer Buddhisten nach China, um dort an der Quelle der neuen Lehre Unterricht und Erleuchtung zu suchen. Dengio ging nach China und gründete, von dort zurückgekehrt, 798 die Tendaisenke, als deren Ausgangs- und Mittelpunkt er auf dem Heizan das Kloster Enriakuji erbaute.

Einen noch bedeutenderen Einfluß auf die Entfaltung des religiösen und auch wissenschaftlichen Lebens übte Kukai (Kobodaischi; 774-835) aus, der ebenfalls China besuchte und, heimgekehrt, 816 die Schingonsekte stiftete; er gründete auf dem Kojaberge das Kloster Kougai, das mit Unterstützung des Kaisers Saga der Hauptplatz der buddhistischen Lehre in Japan wurde. Kobodaischi erfand das japanische Alphabet Jroha, aus 47 Zeichen bestehend, und damit die erste japanische Schrift, das Katakana; bis dahin waren nur die chinesischen Zeichen in Gebrauch gewesen, die auch dies für alle wissenschaftlichen Werke weiterhin blieben. Das größte Werk Kobodaischis aber war der für lange Zeit erfolgreiche Versuch einer Verschmelzung der Buddhalehre mit dem Schintoismus; die alten Gottheiten wurden in den japanischen Himmel aufgenommen und für Inkarnationen Buddhas erklärt, während den vergöttlichten Helden und Kriegern als "Gongen" allgemeine oder wenigstens örtliche Verehrung zuteil wurde. Er hat also den Buddhismus japanisiert; ihm ist es unzweifelhaft zuzuschreiben, daß auch die Kaiser sich rückhaltlos der fremden, nun mehr national gewordenen Lehre hingaben. Seit seiner Zeit haben mehrere Jahrhunderte lang die meisten Kaiser nach kurzer Regierung abgedankt,sich den Kopf geschoren und ihr Leben als buddhistische Mönche beschlossen. Auch die Einführung der Feuerbestattung ist auf ihn zurückzuführen; sogar einige Kaiser haben sich dazu verstanden.

Während der Kämpfe zwischen den Taira und Minamoto wuchs das Ansehen und die Macht der buddhistischen Priesterschaft; und mit dem Siege Joritomos über seine Nebenbuhler 1186 und der Verlegung der Residenz des Schoguns, des Kronfeldherrn (der Titel bestand seit dem 1. Jh. v. Chr.) nach Kamakura beim heutigen Jokohama, wo noch die gewaltigste Buddhastatue Japans "Der Daibutsu von Kamakura" steht, beginnt die Glanzzeit des japanischen Buddhatums, was die Zahl der Sekten und seinen politischen Einfluß betrifft. Jeisai gründete 1191 die Riuzaisekte und Schinran 1220 die Schinsekte, die Nationalisten unter den Buddhisten Japans. Schinran erlaubte den Priestern seiner Sekte den Fleischgenuß und Heirat und verlegte die Tempel von den Bergen und Einöden in die Städte, um so der Entfremdung der Priester von Volke vorzubeugen. Entgegen dem Gebrauche der anderen Sekten sind die Schriften der Schinsekte im japanischen Alphabet abgefaßt; sie sind auch unter den Namen Ikko (von dem Anfangswort ihres Hauptwerkes, des Buches des dauernden Lebens) und Monto (Diener des Tores), wegen der Einheit ihrer Organisation) bekannt. Nicht unpassend heißen sie die Protestanten Japans; sie verwerfen Ehelosigkeit und Enthaltsamkeit von gewissen Speisen, aber auch Bußübungen, asketisches Leben, Pilgerfahrten und Klöster und lehren die Rechtfertigung durch den Glauben an Buddha; die Priesterschaft ist bei ihnen erblich. Die Jodosekte wurde von Daghin 1227 gegründet und 1261 von Nitschiren die nach ihm benannte Sekte, die den Gegensatz der Schinsekte bildet und dem Gefühl der Notwendigkeit eines solchen vielleicht ihre Entstehung verdankt. Wie ihr Gründer, der durch das wunderbare Zerspringen des Schwertes an seinem Halse dem von Hodscho Tokijori verhängten Todesurteil entging, hat sich die Sekte stets durch Unduldsamkeit und Fanatismus ausgezeichnet und so auch in den Kämpfen gegen die Christen eine Hauptrolle gespielt. Ihr gehörte der durch die Berichte der Jesuiten berüchtigte Chistenverfolger Kato Kijomasa zu Anfang des 17. Jh. an; und ihr Wahlspruch: "Namu mio ho ren ge kio" ("Ehre sei dem Erlösung bringenden Buche des Gesetzes"), das sie für das alte "Namu Amida Buddha" ("Ehre dem heiligen Buddha") annahm, stand auf dem Feldzeichen manches Heerführers. Die letzte der großen Sekten, Ji ("Jahreszeiten"), wurde 1288 von Jippen gegründet.

Während der Kämpfe, die das Land zwischen 1332 und 1602 zerfleischten, waren die Priester die Bewahrer von Wissenschaft und Literatur; aber sie nahmen auch entschieden Anteil an den politischen Streitigkeiten der Zeit, und mancher Abt ritt bewaffnet an der Spitze seiner Mönche und Lehnsträger in den Streit. So konnte es nicht ausbleiben , daß der erste bedeutende Mann, Ota Nobunaga, der es sich zum Ziel setzte, Ruhe und Ordnung wieder herzustellen und dem Kaiser, freilich zu seinen eigenen Gunsten, Gehorsam zu verschaffen, sich gegen die Klöster wandte. Im Jahre 1571 ließ er die schlimmste dieser geistlichen Burgen, das Kloster der Schingonsekte auf dem Hieizan, zerstören und alle Insassen niedermachen; einige Jahre später traf den großen Tempel Hongwandschi der Schinsekte in Osaka dasselbe Schicksal. Die dortigen Priester hatten Räubern, wohl auch politischen Gegnern Nobunagas Asyl gegeben; nach wochenlangen Kämpfen wurden drei der fünf Befestigungen des Klosters genommen. Auf das Einschreiten des Mikados hin wurde den Überlebenden (20 000 Mann der Besatzung sollen gefallen sein) freier Abzug gestattet. Aber die buddhistische Priesterschaft hat sich nie von diesen beiden Schlägen erholt; und wenn es auch später noch notwendig wurde, die eine oder andere der Hochburgen des politischen Buddhatums zu brechen, so hatte doch Nobunaga nach dieser Richtung hin die schwerste Arbeit bereits getan.

Unter den Tokugawa war die Jodosekte die angesehenste. Bezeichnenderweise waren die Schogune dieser wenigst gebildeten Dynastie jener Sekte besonders günstig. Ihre Priester hielten an den Hauptregeln der indischen Buddhalehre fest und lehrten, daß Heil der Seele mehr von Gebeten und strenger Befolgung der äußeren Gebräuche und frommer Vorschriften abhänge, als von sittlicher Reinheit und Vervollkommnung. So konnte das Schogunat ihr die religiöse Leitung des Volkes anvertrauen, ohne fürchten zu müssen, daß sie einen seinen Plänen entgegenstehenden Einfluß auszuüben versuchen würde. Die Priester dieser Sekte versahen auch den Dienst in den Begäbnisplätzen der Schogune in Schiba und Nikko; ebenso gehörte ihnen der in dem ersteren gelegene, 1874 abgebrannte Tempel Zozoji. Wie alle Zweige des öffentlichen Dienstes war der zur Staatsreligion gewordene Buddhismus in der letzten Zeit des Schogunats heruntergekommen.; er versagte daher auch in dem Entscheidungskampfe des Schogunats gegen den Mikado vollständig. Wenn die Anhänger des Schogunats, nachdem der Schogun selbst den Kampf bereits aufgegeben hatte, noch zuletzt versuchten, in dem Tempel Tojeisan in Ugeno residierenden Oberpriester der Tendaisekte, Niunoji no mia, einen kaiserlichen Prinzen, als Gegenmikado aufzustellen, so hatte das mit dem Buddhismus nichts zutun; es war das wohl wenig mehr als eine historische Erinnerung an die Gründe, die die Schogune der Tokugawa-Dynastie in dem Haupte dieser Sekte, der bei ihrer Gründung durch einen kaiserlichen Prinzen der Kaiser Kwammu beigetreten war, eine Waffe gegen den Mikado in der Hand sehen ließen.

Nach dem Ende der Tokugawa-Dynastie zeigte sich bei den Siegern eine doktrinäre Gereiztheit gegen den Buddhismus, die zu seiner Verfolgung führte. Es war dies um so natürlicher, als die literarische Tätigkeit der Schintoisten und der Schriftsteller, die sich als solche ausgaben, seit dem 18. Jh. wesentlich zur Vorbereitung des Sturzes des Schogunats 1868 beigetragen hatte. Der Mikado erließ ein Dekret, das eine scharfe Trennung zwischen buddhistischen und schintoistischen Gottesdienst anordnete, den buddhistischen Priestern die Ausübung der bisher erlaubten schintoistischen Zeremonien untersagte und alle Tempel, in denen bis dahin beide Lehren vereinigt waren, den Schintoisten zusprach. Zugleich wurde ein besonderes schintoistisches Kultusministerium eingerichtet, das Schingaikwan, das durch die Ausbildung und Benutzung von Missionaren für die Ausbreitung der Schintolehre sorgen sollte. Im Jahre 1870 wurde aus diesen Missionaren gewissermaßen eine politische Körperschaft gemacht, zu der auch die Präfekten und andere Verwaltungsbeamten gehörten; und 1871 wurden die Beziehungen zwischen Buddhismus und Regierung ganz abgebrochen. Das buddhistische Heiligtum des kaiserlichen Hauses wurde geschlossen, das buddhistische Fest des Kaisers aufgehoben und das Standbild Buddhas aus dem kaiserlichen Palast entfernt. Gleichzeitig wurden alle Ehrentitel der Tempel abgeschafft und ihr Grundeigentum mit Beschlag belegt. Die Regierung nahm 1872 den Priestern die geistlichen Titel und Würden und zwang sie, ihre Familiennamen wieder anzunehmen. Zugleich wurden die gegen Ehelosigkeit und Fleischnahrung gerichteten Verbote aufgehoben, alle Tempel ohne Priester und Gemeinden eingezogen und den Priestern untersagt, sich an die Mildtätigkeit der Gläubigen zu wenden. Im Jahre 1874 endlich wurde die Feuerbestattung verboten. Die Bedeutung dieser Maßregeln zeigt der Umstand, daß sich 1872 unter Gesamtbevölkerung von etwas über 33 Millionen 75 925 buddhistische Priester und 9621 Nonnen befanden, zu denen noch ungefähr 126 400 Novizen, Studierende und Familienangehörige der Schinsekte kamen, und daß die Zahl der im Besitze der sieben hauptsächlichen Sekten befindlichen Tempel über 67000 betrug.